Đubrenje se vrši u skladu sa plodnošću zemljišta, a dozvoljena je samo upotreba đubriva organskog porekla i prirodnih mineralnih đubriva kao što su stajnjak, kompost, osoka, treset, glistenjak, zelenišno đubrenje,drveni pepeo, biljni rastvori i druge otpadne organske materije, a sve u cilju održavanja i poboljšanja plodnosti zemljišta. Đubriva bi trebalo da potiču sa sopstvenog gazdinstva, proverenog kvaliteta. Određivanje količine đubriva se vrši na osnovu analize zemljišta i planiranog prinosa a u skladu sa Pravilnikom o kontroli i sertifikaciji u organskoj proizvodnji.
Stajnjak , kao visoko kvalitetno organsko đubrivo, retko se unosi pred pšenicu kao glavnu biljnu vrstu. Obično je pšenica predkultura posle koje se vrši unošenje stajnjaka. Najčešće se pred pšenicu koristi zelenišno đubrenje, koje predstavlja zaoravanje sveže nadzemne mase biljaka koje se posebno gaje za ovu namenu, sa ciljem da se zemljište obogati organskom materijom radi poboljšanja fizičkih, bioloških i hemijskih osobina zemljišta. Zaoravanje samoniklih biljaka ne smatra se zelenišnim đubrenjem.
Biljke koje se koriste za zelenišno đubrenje su razne vrste detelina, grašak, grahorica i dr., jer one za kratko vreme obrazuju dosta organske materije i obogaćuju zemljište azotom. U zavisnosti od vrste koje se koriste za zelenišno đubrivo, u zemljište se unese 100-200 kg azota po hektaru. Kako se osnovno đubrenje pšenice zasniva na unošenju velike količine organske materije, proces mineralizacije je od presudnog značaja za optimalnu ishranu biljaka. Biofertilizacija predstavlja unošenje živih mikroorganizama u zemljište sa ciljem brzog razlaganja organske materije.
Obzirom da je azot nosilac prinosa kod pšenice, u proleće pre početka intenzivnog porasta biljaka u stablo, neophodno je izvršiti prihranjivanje useva. Kako organskim proizvođačima u Srbiji još nisu dostupni preparati za folijalnu prihranu, već se koriste preparati koji deluju preko zemljišta što ipak umanjuje efikasnost i brzinu delovanja. Jedan od takvih preparata je mikrobiološko đubrivo "Slavol" koje se primenjuje ukoličini od 6-8 l/ha.
Znatno efikasniji način primene azota u prihrani je korišćenje tečnog stajnjaka ili osoke. Osoka sadrži najviše azota i kalijuma , prvu prihranu treba izvršiti pre završetka faze bokorenja a drugo dodavanje na početku vlatanja radi intenzivnijeg razvoja biljaka. Preporučuje se razblaživanje osoke sa vodom u odnosu 1:1 kako ne bi došlo do oštećenja biljaka i pojave ožegotina i sušenja.
Ljiljana Vuksanović