Bolesti biljaka posledica su prodiranja mikroskopskih organizama u biljna tkiva.To mogu da budu gljivice, bakterije ili virusi. Živeći na biljnom tkivu kao paraziti, oni uzrokuju oštećenja i smrt ćelija, a ponekad i promene poput tumora ili raka. Organizmi koji uzrokuju bolesti nazivaju se patogeni, a proučavanje biljnih bolesti - proučavanje patologije biljaka. Treba napomenuti da neki organizmi koji su u bliskom srodstvu s patogenim, imaju korisno dejstvo na biljke. Takvi primeri su mikorizne gljive koje funkcionišu kao produžetak korenskog sistema i bakterija koja formira kvržice na korenju leguminoznih biljaka u kojima se fiksira azot .
Gljivične bolesti
Gljive su biljke bez hlorofila; one nisu sposobne da same proizvode energiju putem fotosinteze. Većina su saprofitni organizmi (hrane se mrtvim ili raspadajućim tkivom), ali su neke vrste razvile sposobnost da savladaju odbrambene mehanizme biljaka i mogu da se hrane živim biljnim tkivom. U uobičajene gljivične bolesti ubrajaju se plamenjača krompira, kupusna kila, poleganje rasada, plesni i biljna rđa.
Neki od uzročnika ovih bolesti, na primer kupusne kile, imaju zaštićene uspavane spore koje mogu da ostanu žive u zemlji i više od 40godina. Organizmi koji uzrokuju plamenjaču krompira prenose se iz godine u godinu preko zaraženih krtola za sađenje, ali se šire od biljke do biljke, u obliku spora, kao što je slučaj kod većine gljiva. Gljiva koja uzrokuje krastavost jabuke prezimljuje na zaraženim ostacima biljaka, kao što je opalo lišće u voćnjaku.
Većina gljiva koje uzrokuju bolesti obično se ne primećuju, za razliku od simptoma. Očigledan izuzetak je medna gljiva, s karakterističnom nožicom boje meda. Većina gljivičnih bolesti češća je u toplim, vlažnim uslovima, koji omogućuju sporama da se slobodno kreću kroz vlažan vazduh i tanke slojeve vode na površini listova. Spore koje prolaze kroz zemljište ili ih prenosi vetar, dospevaju na površinu biljaka, odakle prodiru u ćelije.
Gljivične bolesti su veoma raznovrsne, ali mogu da se grupišu prema vrsti simptoma koje uzrokuju. U okviru tih grupa, patogene gljive vezuju se za konkretne biljke - domaćine. Na primer, organizam koji uzrokuje pepelnicu kod jabuke () razlikuje se od organizma koji uzrokuje naizgled identičnu pepelnicu kod šljive () ili ruže (). S druge strane, siva plesan napada niz biljnih vrsta i raznih delova biljaka. Suzbijanje patogenih gljiva ograničeno je na pokušaje da se izbegnu ili spreče uslovi u kojima one napreduju. Dobra higijena u bašti, obavezno odgovarajuće provetravanje oko biljaka, izbegavanje preteranog zalivanja, izbor otpornih sorti i razumna upotreba dozvoljenih fungicida pomoći će vam da izbegnete ili ograničite štetu.
Bakterijske infekcije
Bakterije su jednoćelijski organizmi koji se brzo razmnožavaju prostom deobom. Patogene bakterije uzrokuju kod biljaka brojne vrste truleži, uvenuće (sušenje), gar, plamenjaču i gale. Za razliku od gljiva, bakterije obično prodiru u tkivo biljaka samo kroz oštećena mesta, koja nastaju zbog orezivanja ili napada štetočina. Lečenje bakterijskih infekcija je ograničeno na uklanjanje zahvaćenih delova, a sprečavanje se obično svodi na jednostavno održavanje čistoće. Primeri bakterijskih infekcija su krastavost krompira, plamenjača jabuka, krušaka i drugih vrsta iz porodice , kao i mnogi oblici gareži na voću.
Virusi
Jednostavno rečeno, virus je genetski materijal unutar proteinskog omotača. Virusi prodiru u ćelije viših organizama, uključujući i biljke, i „otimaju” ćelijske genetske kodove da bi se razmnožavali, preusmeravajući tako energiju ćelija na proizvodnju velike mase virusnog materijala koja se širi na susedne ćelije, što često drastično ograničava rast biljke-domaćina ili uzrokuje deformacije i poremećaje funkcionisanja delova biljaka.
Virusi ne mogu da postoje samostalno i obično zavise od insekata ili drugih životinjskih vrsta koje ih prenose od jedne do druge biljke. Bube kao što su biljne i bele vaši, kao i vrste izporodice , koje sišu biljne sokove, naročito se ističu kao prenosioci biljnih virusa. Virusne infekcije prenose se i vegetativnim razmnožavanjem zaraženih biljaka.
U mnogim zemljama uveden je sistem izdavanja atesta, kojim se osigurava da u prodaji budu samo kontigenti biljaka koje nemaju viruse, a to se naročito odnosi na najosetljivije vrste voća, kao što su maline. „Krompir iz atestiranog semena” nema nikakvih virusa, a proizvodi se u prohladnim predelima gde vaši, prenosioci krompirovih virusa, imaju manje šanse da prežive u dovoljnom broju da bi među biljkama širile virusni materijal.
Virusi su suviše mali da bi se videli običnim mikroskopom, zato se obično nazivaju po biljkama na kojima su prvi put otkriveni, kao i po simptomima koje izazivaju. Suzbijanje biljnih virusa ograničeno je na sadnju biljaka koje su otporne na njih i na suzbijanje insekata-prenosilaca.