U organskoj proizvodnji nije dozvoljena upotreba materijala hemijsko-sintetičkog porekla, tako da je u proizvodnji krompira metodom organske proizvodnje zaštita, kao jedna od mera nege, veoma kompleksna i specifična. To je jedan od najvećih problema i od njenog uspeha umnogome zavisi ostvaren prinos.
U organskoj proizvodnji krompira korovi se uništavaju mehaničkim putem. Na manjim površinama mogu se uništavati ručno – plevljenjem ili okopavanjem, dok se na većim površinama uništavaju međurenim kultiviranjem. Poželjno je da se korovi uništavaju što češće, bar na dve do tri sedmice, kako bi se sprečilo da korovi ojačaju i tako spreče rast biljaka krompira.
Ekonomski najznačajnija štetočina krompira je krompirova zlatica i njeno suzbijanje je veoma značajno. Posebnu pažnju treba posvetiti izboru parcele, vodeći računa da je parcela na što većoj udaljenosti od prošlogodišnjih parcela. Odrasli insekti krompirove zlatice prezimljavaju u zemljištu i ukoliko je usev krompira blizu vrlo rano počinju da se hrane i polažu jaja u novi usev. Mehaničke mere podrazumevaju sakupljnje imaga i larvi, i njihovo uništavanje. Međutim, ovo je moguće raditi samo na manjim parcelama.
U prirodi postoji nekoliko biljaka (biljke repelenti) koje odbijaju krompirovu zlaticu. Te biljke su ren, buhač i žalfija. One se seju ili sade imeđu redova krompira ili oko useva krompira formiranjem pojaseva. Koren rena sadrži etarska ulja zbog kojih ga krompirova zlatica izbegava i obilazi u širokom luku. Buhač je važan u odbijanju napada vaši, stenica i krompirove zlatice, a i kontaktni je insekticid, jer sadrži piretrin i smrtonosan je za insekte pri dodiru.
Malčiranje, pored zaštite od korova, stvara i staništa za predatore krompirove zlatice. U zaštiti od krompirove zlatice može se koristiti i gajenje klopka – useva, što je u ovom slučaju plavi patlidžan koga krompirova zlatica radije jede. Kada dođe do prenamnožavanja štetočine, ona se uništava zajedno sa njima i tako se sprečava prelazak na biljke krompira. Biološka kontrola štetočina se zasniva na primeni njihovih prirodnih neprijatelja. U organskoj proizvodnji dozvoljena je primena insekticida na bazi Baccilus thuringiensis, koji nisu dovoljno efikasni, ali zajedno sa preventivnom merama daju zadovoljavajuće rezultate.
Od bolesti krompira najveće štete nanosi plamenjača krompira. Mere borbe protiv plamenjače krompira mogu biti preventivne i direktne. U preventivne mere spadaju pospešivanje što bržeg razvoja krompira (naklijavanje, izbor ranih sorti), smanjenje vlaženja lišća (navodnjavanje u brazde ili "kap po kap"), izbor zdravih krtola za sadnju. Direktne mere podrazumevaju primenu fungicida koji se nalaze na listi dozvoljenih u organskoj proizvodnji.
Svetlana Jerinić