Nekim vrstama semenja poželjan je kraći period fermentacije, koja bi se inače prirodno odvijala u prirodi. Fermentacija (slično kao stratifikacija za neke druge vrste) rastvara inhibitore klijanja, tj. povećava klijavost. Osim toga, fermentacija može uništiti uzročnike bolesti koji bi mogli biti prisutni na semenu. Fermentacija je logična za svako seme koje se u prirodi nalazi unutar sočnog ploda, npr. paradajz, patlidžan, bundeva, voće...
Kad želite sačuvati svoje seme, izvadite ga iz ploda zajedno sa pripadajućim sokom ili pulpom u čašu ili teglu, dodajte malo vode i pustite na vazduhu 2 do 5 dana. Pojaviće se mehurići i sloj beličaste buđi na površini. Kad se to dogodi, ostavite otprilike 1 dan, pa isperite (duža fermentacija mogla bi uzrokovati klijanje). Stavite seme u posudu s vodom i odvojite za čuvanje ono koje potone na dno. Rasprostrite ga na papiru ili platnenoj salveti tako da se brzo osuši.
Seme koje inače brzo klija, kao bundevino, možete fermentisati samo dan ipo, a za paradajz se preporučuje 3 dana.