Микробиологија ђубрива обухвата микробиолошке процесе који се одугравају у току спремања органских ђубива на једној страни и микробиолошких ђубрива односно биопрепарата на другој страни. У органско ђубриво убрајамо стајско ђубриво и компосте у којима се током спремања одигравају значајни микробиолошки процеси.
Органска ђубрива настају процесима хумификације органских остатака у газдинствима, што на крају доводи до стварања хумусних материја. Ти процеси теку обично бурније и брже него у самом природном земљишту, па се отуда овај тип хумификације обично назива ’’згоревањем’’ органских ђубрива, или ’’зрењем’’ органских ђубрива.
Када се говори о микроорганизмима у припремању стајњака пре свега се ради о једној посебној групацији микроорганизама који су познати као копрофилни микроорганизми, који су још за време боравка у органима за варење хране код животиња већ обавили увелико процес саме хумификације органских остатака у измету. Отуда није никакво чудо што је измет код многих домаћих животиња најчешће већ упола хумификована маса, што је од посебног значаја за даљи ток загревања стајског ђубрета. Копрофилни микроорганизми обухватају читав низ различитих микроорганизама (бактерија, гљива, актиномицета, делом и пра животиња), који су заиста у стању да обаве већ све познате трансформације појединих једињења из свежег органског ђубрета до стварања хумуса, али тек под овим посебним условима у ђубриштима. Ту се посебно истичу извесни представници термофилних микроорганизама, пре свега за обављање процеса целулолизе (разлагање целулозе) из простирке у свежем стајском ђубрету.
Процес згоревања стајског ђубрета може се обављати на три начина:
1. Топло загревање стајског ђубрета,
2. Хладно загревање стајског ђубрета,
3. Благородно загревање стајског ђубрета,
и углавном зависи од регулисања појединих основних еколошких услова од стране човека.
Игор Ристић дипл.инг.